Udviklingen fra sejlads i nærområderne til langfart startede med åbningen af handlen på Kina. Danske skibe søgte andel i denne handel og Briggen Conrad kom som den første Fanø-sejler til Kina i 1860'erne. Skibene indtog fragt i de nordeuropæiske havne bestemt for Singapore eller Indien. Herefter opererede de i området med fragter til Hong Kong, Japan, nordkinesiske havne samt Taipee. Det var på disse geografiske destinationer, at Fanø først mærkede dampskibenes fremgang, og sejlskibene blev tidligt fortrængt herfra, og Kina-rejserne ophørte.
Dette bekymrede ikke Fanø synderligt, for Kina-rejserne havde givet Fanø de økonomiske muligheder for at ekspandere og flåden voksede i såvel antal som i størrelse, og der var mange nye markeder - endnu. Et af disse markeder var sejlads fra Holland til hollandsk ostindien som i mange år gav gode fragter til især de mindre træskibe.
Skibene blev i begyndelsen væsentligst bygget på egne værfter på Fanø. I Sønderho var det hos bl.a. Niels Sonnichsen Nielsen, der i 1877 afleverede skonnertbriggen "Vennerne" som dels var det sidste skib der blev bygget i Sønderho og samtidig det største. I Nordby sluttede rækken af bygmestre med den navnkundige Søren Abrahamsen, der byggede i alt 32 sejlskibe og sluttede med aflevering af barken Thora i 1896. Ud over dette blev der bygget skibe i Tåsinge og Svendborg, men mange blev også bygget i Sverige.
Flåden blev konstant truet af dampskibene og i 1884 indkøbte skibsreder Knudsen i Sønderho to jernbarker, som i øvrigt blev de først jernsejlskibe under danske flag, men de blev hurtigt efterfulgt af mange andre. Disse blev væsentligst bygget på udenlandske værfter i England og Skotland, men senere også på Helsingør Skibsværft
Efter århundredeskiftet blev det for alvor vanskeligt for Fanø. Dampskibene havde sat sig på markedet, og det blev svært at skaffe lønnende fragter. I 1895 var flåden på 128 skibe, og den faldt til 73 skibe i 1905 og videre til 18 skibe i 1907. I 1915 var der bare 4 hjemmehørende skibe tilbage på Fanø.
Markedsforholdene medførte voldsomme økonomiske ændringer
og tab. I marts 1904 vurderede firmaet Knöhr & Burchard i Hamburg,
at "Havila" ville kunne sælges for kr. 130.000 og "Aalborg"
for kr. 55.000. Til sammenligning blev "Havila" bygget i 1893 for
kr. 270.000, medens "Aalborg" blev bygget i 1891 for kr. 126.000.
Et voldsomt tab på over kr. 200.000 på to forholdsvis nye skibe.
Gennem de gode shipping relationer som man havde opbygget gennem årene, fik Fanø de oversøiske rejser, i modsætning til andre danske skibscentre (Marstal, Svendborg, Ålborg, København). Farten på vestkysten af Sydamerika udviklede sig, især med fragt af salpeter fra Chile, og huder fra Brasilien til Nordamerika og Europa, samt hvede og olie fra Nordamerika, sidstnævnte til Sydamerika og Japan. Man kunne møde Fanø-skibe i næsten alle de større havne overalt på kloden, og kendetegnende var, at skibene sjældent kom i danske farvande. Kom de endeligt til Europa var det som regel til Hamburg eller London.
